Controloc 40, tak jak i inne leki zawierające pantoprazol, należy przyjmować 1 godzinę przed posiłkiem (m.in. ze względu na to, iż obecność pokarmu może opóźnić działanie leku). Zatem w przypadku dawkowania 2 razy dziennie, pierwszą tabletkę bierze się godzinę przed śniadaniem, a drugą tabletkę godzinę przed kolacją.